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撥開云霧見月明——英捷iBright FL1500 Western熒光成像分析儀技術(shù)特點解析-4
iBright FL1500 藍綠透射光源的檢測應(yīng)用
Western Blot熒光成像分析儀的江湖上,伯樂ChemiDoc MP、GE Amersham ImageQuant 800 Fluor(AI800 Fluor)、耶拿UVP ChemStudio Plus和賽默飛Invitrogen iBright FL1500這四雄,要論硬件配置上最顯著的區(qū)別,恐怕是非透射光源(Transilluminator)莫屬。因為,伯樂、UVP的系統(tǒng)用了經(jīng)典302nm的透射紫外臺(Trans-UV);AI800 Fluor默認裝備是LED透射白光(LED trans-white),當然可以選配AI800 UV升級模塊;而iBright FL1500標配是一臺LED藍綠光透射儀(green-LED transilluminator)。
很明顯,GE主打Western+蛋白凝膠圖像分析,Bio-Rad和UVP是要兼顧核酸、蛋白凝膠成像需求,而Thermo Fisher則意圖實現(xiàn)凝膠類等透明樣品的激發(fā)、照明多樣化檢測。那iBright FL1500的這一設(shè)計究竟是銳意創(chuàng)新的結(jié)晶,還是嘩眾取寵的敗筆?這一問題值得探討。
一、透射藍綠色光源在核酸凝膠檢測中應(yīng)用的表現(xiàn)
根據(jù)文獻報道和廠商使用說明,對4大類核酸常用熒光染料標記凝膠成像激發(fā)方案匯總后,可獲得表1所列信息。
表1 常見核酸熒光染料激發(fā)波長列表
樣品類型 | Trans-green (490–520nm) | Trans-UV (280–320nm) | |
核酸凝膠 | Ethidium Bromide (EB) | ● (518 nm) | ●● (302 nm) |
GelRed | ● (488 nm) | ●● (302 nm) | |
GelSafe | ● (514 nm) | ●● (309 nm) | |
GelGreen | ●● (500 nm) | ● (302 nm) | |
SYBR Gold | ●● (495 nm) | ● (302 nm) | |
SYBR Safe (DNA) | ●● (502 nm) | ● (302 nm) | |
SYBR Green I (dsDNA) | ●● (497 nm) | ● (302 nm) | |
SYBR Green II (RNA) | ●● (497 nm) | ● (302 nm) | |
Goldview/AO (>1 kb DNA) | ●● (491 nm) | ●● (294 nm) |
科研實驗中不少熒光試劑,在紫外、藍光波長下都有強度不等的吸收峰。理論上,可使用其中任何一種光源激發(fā)。
以溴化乙錠(EB)為例,它的激發(fā)峰有兩個:波長300 nm最大激發(fā)峰(主激發(fā)峰)和波長518nm次激發(fā)峰,次激發(fā)峰強度明顯低于紫外波長激發(fā)峰。藍綠光透射儀雖然可以有效激發(fā)EB,而且經(jīng)1.25kb基因擴增產(chǎn)物瓊脂糖凝膠成像對比證明,用302nm紫外光透射儀激發(fā)和基于iBright FL1500 Western成像分析儀檢測,所獲凝膠圖像效果極其接近。
廠商發(fā)布的熒光染料技術(shù)資料中推薦的激發(fā)波長,素有主激發(fā)峰波長、可用激發(fā)波長(次激發(fā)波長)之分。在主、次激發(fā)波長的條件下,熒光基團發(fā)光強度有差異,使得相同曝光時間內(nèi),凝膠的中、低豐度樣品條帶的圖像信號表現(xiàn)可能不一致。若成像條件未經(jīng)優(yōu)化,為強化弱信號條帶檢測而延長曝光時間,不僅會引入更多圖像背景噪音成份,還可能造成強信號條帶過飽和,高中低信號條帶強度對比失真。而基于過度曝光的圖像信號定量條帶樣品含量,不符合ImageJ指南關(guān)于圖像分析中運用朗伯-比爾定律的條件。
一般情況下,采用熒光試劑最大激發(fā)峰波長檢測,具有更好信噪比,有助于提高檢測靈敏度。因此,樣品豐度的定量分析應(yīng)基于染料的主激發(fā)波長測定,而定性分析(如樣品分子量對比鑒定)可以采用次激發(fā)波長檢測。
整體上,波長490-520 nm藍綠光透射儀與凝膠成像分析儀標配302nm透射儀(波長范圍280–320nm,輻射能量峰波長302nm),二者可激發(fā)的熒光染料種類基本重疊。
對兩種文獻報道中常用的核酸相對定量分析染料SYBR Gold、SYBR Green的激發(fā)效果,藍綠色激發(fā)光顯然更優(yōu)。而302nm紫外則最適于溴化乙錠EB、GelRed 和GelSafe的檢測。
Gel Safe類核酸安全無毒染料,雖兼容藍光、紫外兩種激發(fā)波長,但基因克隆實驗中,藍綠光照射可避免凝膠觀察和切膠過程中,人體和樣品的紫外線暴露損傷風險。故GelRed、GelSafe等染料在實際使用中,更多的是基于藍綠光而非紫外線來檢測。何況,LED光源使用壽命比紫外燈長,無須定期更換,節(jié)省管理維護成本。
因此,核酸凝膠檢測應(yīng)用,iBright FL1500的490-520nm波長透射儀配置方案要優(yōu)于常規(guī)紫外透射儀。
二、藍綠色透射儀在蛋白檢測中的應(yīng)用
生物醫(yī)學實驗中蛋白樣品類型多樣,手工和預(yù)制SDS-PAGE凝膠,常規(guī)免染型凝膠和基因克隆平板都是常用樣品。
蛋白免染凝膠熒光的應(yīng)用,iBright FL1500熒光成像儀不支持伯樂的蛋白免染凝膠檢測,只能使用英捷免染熒光試劑。這一點在《英捷iBright FL1500 Western熒光成像分析儀技術(shù)特點解析-2》已有討論。
有文獻報道了用iBright FL1500 的LED藍綠光透射儀從底部照射搭載有GFP基因的克隆培養(yǎng)板,對靶蛋白表達克隆進行快速篩查和克隆熒光計數(shù)分析。
表2 透射藍光與302nm紫外激發(fā)的蛋白凝膠熒光染料對比表
樣品類型 | Trans-green (490–520nm) | Trans-UV (280–320nm) | |
蛋白凝膠 | SYPRO Ruby (總蛋白) | ● (460 nm) | ●● (280 nm) |
SYPRO Red (總蛋白) | ●● (520 nm) | ● (300 nm) | |
SYPRO Tangerine (總蛋白-WB) | ●● (490 nm) | ●● (300 nm) | |
Oriole (總蛋白) | ●● (302 nm) | ||
Flamingo火烈鳥(總蛋白) | ●● (490-520 nm) | ||
Pierce Krypton (總蛋白) | ●● (520 nm) | ||
Pro-Q Diamond (磷酸化蛋白) | ●● (520 nm) | ||
Pro-Q Emerald 300 (糖基化蛋白) | ●● (302 nm) | ||
Pro-Q Emerald 488 (糖基化蛋白) | ●● (510 nm) | ||
InVision His-tag (His標簽蛋白) | ●● (LED白光板替代) | ●● (302 nm) | |
免染熒光應(yīng)用 | 支持總蛋白定量分析 | ●● (英捷no-stain試劑) | ●● (伯樂Stain-free膠) |
菌落平板 | GFP表達克隆篩查 | ●● (490 nm) |
表2數(shù)據(jù)顯示:蛋白凝膠熒光檢測應(yīng)用,490-520nm藍綠光和302nm透射儀的適用性各有千秋。用于凝膠總蛋白、翻譯后修飾蛋白的定量分析的常用熒光染料檢測的支持方面,兩種透射光源都存在短板,難以有效覆蓋全部應(yīng)用。相對而言,透射藍綠光源的兼容性更好。
這給了我們一個有益的啟示:在考慮蛋白凝膠成像分析系統(tǒng)配置中,如有可能,應(yīng)將紫外、藍光兩種透射光源相結(jié)合,可極大提升系統(tǒng)蛋白凝膠檢測應(yīng)用的靈活性。
iBright FL1500只能裝配藍綠透射儀,無紫透射外臺可供升級。而ChemiDoc MP、UVP ChemStudio Plus可以在標配基礎(chǔ)上加配藍光屏或LED透射藍光臺(trans-blue),通過搭配,兩種檢測光源取長補短,相得益彰,實現(xiàn)檢測功能擴展的自由。
三、小結(jié)
作為一款主要定位于Western blot實驗印跡熒光、化學發(fā)光ECL檢測的高端成像分析儀, Invitrogen iBright FL1500通過引入藍綠透射光源和白光板這套配置,實現(xiàn)了對核酸凝膠、蛋白凝膠的熒光、可見光檢測分析的有效兼顧,從技術(shù)層面來說無疑非常成功。
正所謂尺有所短寸有所長,iBright FL1500不可能是完美無缺的杰作。
首先,在核酸凝膠檢測上,由于官方只證實藍綠透射儀可以有效支持EB標記染料的成像分析,但缺少EB染料標記核酸定量檢測動態(tài)線性范圍,以及這一線性范圍與基于標準302nm波長檢測條件下動態(tài)范圍的對比數(shù)據(jù)。當用于高濃度的核酸樣品(如PCR擴增產(chǎn)物)、低豐度樣品(低表達mRNA)和稀有珍貴樣品的定量分析時,若無相應(yīng)驗證過程,則數(shù)據(jù)可靠性難免存疑。
其次,在蛋白凝膠檢測上,iBright FL1500藍光透射儀可支持總蛋白檢測、修飾后蛋白檢測,但依然存在對Oriole (總蛋白檢測) 、Pro-Q Emerald 300 (糖基化蛋白檢測)等染料不兼容的問題。
此外,不支持已廣泛應(yīng)用的伯樂免染凝膠熒光的檢測。
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