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撥開(kāi)云霧見(jiàn)月明——英捷iBright FL1500 Western熒光成像分析儀技術(shù)特點(diǎn)解析-1
Invitrogen iBright FL1500, 是美國(guó)賽默飛公司2019年上市的一款主要針對(duì)Western Blot免疫印跡多色熒光檢測(cè)應(yīng)用而推出的多功能成像分析系統(tǒng)。它隨機(jī)標(biāo)準(zhǔn)配置包括l藍(lán)綠色LED透射儀、SDS-PAGE染色凝膠白光屏(White trans-illuminator screen)、熒光濾光片套件、印跡參考樣品(iBright Imaging System Sample Blot / Reference target)、安全防護(hù)眼鏡(Safe Imager Viewing Glasses)和PC端iBright Image Analysis Software。既支持熒光印跡(一張印跡膜上可同時(shí)檢測(cè)綠色、橙色、紅色、遠(yuǎn)紅外和近紅外5種熒光)、HRP和AP底物的化學(xué)發(fā)光印跡和顯色法(如Ponceau S、MemCode染色)蛋白印跡成像檢測(cè),還可用于熒光染色、顯色和染色的核酸、蛋白質(zhì)凝膠的成像分析。
在Western Blot多功能成像分析領(lǐng)域, Bio-Rad ChemiDoc MP Imaging System (1708280,2013)/ChemiDoc MP Imaging System (12003154,2020)、GE Amersham Imager 600 RGB(AI600, 2014)/ ImageQuant 800 Fluor(AI800, 2019)、UVP ChemStudio Plus Imaging Systems(2013)等老牌強(qiáng)手環(huán)伺左右,此時(shí)Invitrogen iBright FL1500的入場(chǎng),略顯得姍姍來(lái)遲。
據(jù)阿拉斯加科技2022年10月完成的一項(xiàng)調(diào)查顯示:從2013年11月-2022年10月,以“ChemiDoc MP[Text Word]”為檢索條件在PubMed期刊數(shù)據(jù)庫(kù)共查到52篇article。而以“iBright [Text Word] AND FL1500 [Text Word]”作關(guān)鍵詞檢索,共獲得152條記錄。
業(yè)界流行“后發(fā)優(yōu)勢(shì)”一說(shuō)。那iBright FL1500在吸收了“前輩”的技術(shù)精華后,到底煉就何等吸“睛”大法,逆襲躋身強(qiáng)林的?為此,我們推出《撥開(kāi)云霧見(jiàn)月明——英捷iBright FL1500 Western熒光成像分析儀技術(shù)特點(diǎn)解析》系列文案,從硬件配置到軟件模塊4個(gè)角度,對(duì)iBright FL1500進(jìn)行剖析,以期我們對(duì)該產(chǎn)品為代表的Western熒光成像分析儀、連帶Western ECL成像系統(tǒng)有更深入的了解。
一、多功能熒光檢測(cè)應(yīng)用
對(duì)上述使用iBright FL1500 Western熒光成像儀實(shí)施檢測(cè)的152個(gè)應(yīng)用實(shí)例,按檢測(cè)樣品類(lèi)型分類(lèi)統(tǒng)計(jì)結(jié)果顯示:
表1 iBright FL1500 Western熒光成像儀檢測(cè)應(yīng)用舉隅
樣品類(lèi)型 | 案例數(shù) | 應(yīng)用實(shí)例 |
ECL Blot檢測(cè) | 123個(gè) | Dot-Blot分析 常規(guī)mini PVDF 發(fā)光 |
熒光Blot檢測(cè) | 13個(gè) | FI of CM-Dil dye measured on nitrocellulose membrane Alexa Fluor 488-labeled secondary antibodies Membranes probed with Alexa Fluor 680-labeled and Alexa Fluor 488-labeled secondary antibodies Fluorescent Blot (Alexa Fluor 488, 647, and 800) |
蛋白熒光凝膠檢測(cè) | 5個(gè) | fluorescent 12% SDS-PAGE gels (Ex488nm/Em 526nm); 4%–15% Mini-P TGX Precast Protein gel fluo assay |
核酸熒光凝膠檢測(cè) | 8個(gè) | cross-linked RNA Gels stained with SYBR Gold agarose gel stained with Gel Red agarose RFLP analysis TAE agarose gel stained with ethidium bromide (EB) |
其他樣品檢測(cè)應(yīng)用 | 4個(gè) | SD plate imaged using the TexasRed filter set Gelatin-LB Plate Fluorometric Substrate Assays TLC silica gel 60G plate可見(jiàn)光檢測(cè) |
表1信息表明,iBright FL1500 Western熒光成像儀應(yīng)用實(shí)例中,80%屬于化學(xué)發(fā)光Blot檢測(cè)(enhanced chemiluminescence Blot,ECL);熒光測(cè)定類(lèi)應(yīng)用的占比不足20%,主要包括蛋白Blot、熒光標(biāo)記蛋白凝膠、熒光標(biāo)記核酸凝膠和微生物克隆板熒光檢測(cè)。20%的比例雖不算高,但足以證明樣品熒光類(lèi)應(yīng)用不可或缺。
凝膠成像分析儀(如Bio-Rad GelDoc Go、Axygen GDBL-1000)和多數(shù)印跡化學(xué)發(fā)光系統(tǒng)(如Bio-Rad ChemiDoc、ChemiScope 6100BZ和ChemiScope 6200),標(biāo)配通常是302nm波長(zhǎng)紫外透射光源,無(wú)法激發(fā)Cy5(Ex 649nm,Em 670nm)、Cy3(Ex 552nm,Em 570nm)、SYPRO Orange(Ex 470nm,Em 570nm)等凝膠熒光染料,或激發(fā)SYBR Green(Ex 498nm,Em 522nm)、SYBR Gold(Ex 490nm,Em 540nm)、Gel Green(Ex 500nm,Em 530nm)難以達(dá)到最佳分析效果。最關(guān)鍵的是,Western ECL成像儀缺少特異性熒光濾光組件,而凝膠成像儀則熒光濾鏡、冷CCD都缺失,因此,都無(wú)法勝任微弱熒光信號(hào)的采集。
因此,既配置有透射紫外(Trans-UV)和(或)透射藍(lán)光(Trans-blue)激發(fā)光源,又擁有多組特異性熒光激發(fā)-發(fā)射濾光組件和冷CCD的Western熒光成像分析儀,自然成為SYPRO Orange、SYBR Gold等熒光染料標(biāo)記凝膠樣品檢測(cè)的理想方案。
表2 主流品牌Western多功能成像分析系統(tǒng)熒光檢測(cè)模塊配置表
品牌 | Bio-Rad | GE Amersham | UVP | Invitrogen |
型號(hào) | ChemiDoc MP (12003154) | ImageQuant 800 Fluor | ChemStudio Plus | iBright FL1500 |
CCD單元 | -30℃ Cooled CCD 610萬(wàn)像素
| -25℃制冷CCD 830萬(wàn)像素 F 0.74 | -57℃制冷CCD 810萬(wàn)像素 f/0.95 | 制冷CCD 910萬(wàn)像素 F 0.95 |
凝膠熒光激發(fā)光源 | Trans-UV 302nm (SYPRO Ruby/Gel Red/EB) | Trans-UV 312nm | Trans-UV 302nm | NA |
Trans-blue 450–490nm(可選) (SYBR Gold/SYBR Green/Gel Green /GFP/SYPRO Orange) | NA | Blue LED Trans-illuminator (可選) Blue Converter Plate 460-470 nm (可選) | Trans-UV 480nm | |
印跡熒光激發(fā)濾片 | Epi-blue 460–490nm | Epi-LED 460nm | Epi-LED blue | ?Epi-LED 455-485nm |
Epi-green 520–545nm | Epi-LED 535nm | Epi-LED green | Epi-LED 515-545nm | |
Epi-red 625–650nm | Epi-LED 635nm | Epi-LED red | Epi-LED 608-632nm | |
Epi-far red 650–675nm | Epi-LED 660nm | NA | Epi-LED 610-660nm | |
Epi-near IR 755–777nm | Epi-LED 775nm | NIR(可選) | Epi-LED 745-765nm | |
熒光檢測(cè)濾片 | Em 518–546nm (SYBR Gold) | Em 525BP20nm (Cy2) | Em 510-560 nm (SYBR Green) | EM 508-537nm (Alexa Fluor 488) |
Em 577–613nm (Alexa555/Cy3/SYPRO Orange) | NA | Em 520-620 nm (SYBR Gold) | EM 568-617nm (Alexa Fluor 546/EB) | |
Em 590/110nm (EB/SYPRO Red) | Em 605BP40nm (Cy3/EB) | Em 580-630 nm (Deep Purple/EB/RFP) | NA | |
Em 675–725nm (Cy5) | Em 705BP40nm (Cy5) | Em 668-722nm(可選) (Alexa633/Cy5) | EM 675-720nm (Alexa Fluor 647) | |
Em 700–730nm (IRDye 680) | Em 715BP30nm (IR short) | Em 700-740nm(可選) (IRDye 680/CF 680) | Em 710-730mn (Alexa Fluor 680) | |
Em 813–860nm (IRDye800) | Em 836BP46nm (IR long) | Em 780 nm long pass (Alexa750) (可選) | Em 800-850nm (Alexa Fluor 790) |
Western熒光成像分析儀,顧名思義,是可用于單重(singleplex)或多重(multiplex)熒光標(biāo)記印跡的圖像采集與分析。熒光印跡檢測(cè)技術(shù)(fluorescent Blot)比ECL印跡分析法究竟有何技術(shù)優(yōu)勢(shì)?我們認(rèn)為,熒光蛋白印跡檢測(cè)的優(yōu)勢(shì)主要是“三高”,即高特異性、高效率和高分辨力。
1、熒光Blot檢測(cè)的高特異性
幾乎所有原核和真核細(xì)胞樣品,在熒光檢測(cè)過(guò)程中都不同程度地存在與檢測(cè)信號(hào)無(wú)關(guān)的自發(fā)熒光。樣品內(nèi)源成份(如組織細(xì)胞結(jié)構(gòu)組成成分和代謝物)、樣品處理中引入的外源物質(zhì)(如組織固定所用的多聚甲醛等)和樣品所用器材(如試劑和轉(zhuǎn)印膜),都可能助長(zhǎng)這種背景熒光信號(hào)。其中一些組分無(wú)需激發(fā)光誘導(dǎo)即可產(chǎn)生自發(fā)熒光,如作為細(xì)胞外基質(zhì)主要成分的膠原蛋白(Em 350-450 nm),細(xì)胞內(nèi)核黃素(Em 550 nm),動(dòng)物及細(xì)菌樣品中的維生素A(Em 500 nm)等。
紅藍(lán)綠色自發(fā)熒光的存在,連同電泳、轉(zhuǎn)印過(guò)程的誤差,往往使ECL法印跡圖像背景增強(qiáng),Blot條帶-背景反差削弱,檢測(cè)信噪比(S/B)降低。當(dāng)然,自發(fā)熒光與測(cè)試熒光基團(tuán)的光譜如存在重疊,則背景熒光同樣會(huì)干擾樣品熒光Blot分析,降低測(cè)試靈敏度和準(zhǔn)確性。
熒光印跡分析依托熒光濾光片組件和低溫冷CCD檢測(cè)器進(jìn)行。帶寬優(yōu)化光學(xué)濾片,可將激發(fā)光源、樣品和印跡膜自發(fā)熒光等高效濾除,只允許波長(zhǎng)特異性熒光信號(hào)進(jìn)入CCD,Blot圖像中背景信號(hào)被極大削弱。
(上圖:通過(guò)多個(gè)熒光通道獲取的熒光圖像及疊加后效果;下圖:用iBright FL1500采集的ECL Blot條帶成像后再手工合并圖像)
對(duì)比熒光Blot和用于發(fā)表的ECL印跡(原圖經(jīng)反相轉(zhuǎn)換成經(jīng)典放射性自顯影底片的效果)圖像,不管是添加偽彩色的多色熒光疊加圖還是單色熒光圖,熒光Blot圖像都顯得更背景更“干凈”,條帶與背景對(duì)比反差更大。一張圖上可呈現(xiàn)所有檢測(cè)對(duì)象。
圖像的基礎(chǔ)背景低,條帶定量分析時(shí),條帶信號(hào)經(jīng)背景扣除處理后所保留的有效值更高,對(duì)弱信號(hào)條帶檢測(cè)分辨力的提高極為有利。
2、熒光Blot檢測(cè)的高分辨力
蛋白質(zhì)磷酸化修飾和去磷酸化,是調(diào)控信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)、基因表達(dá)及細(xì)胞的增殖分化等生理病理過(guò)程啟動(dòng)的一個(gè)重要分子開(kāi)關(guān)。通過(guò)檢測(cè)蛋白質(zhì)磷酸化,了解特定蛋白質(zhì)在細(xì)胞受到多種生物和非生物脅迫刺激時(shí)的磷酸化水平變化情況,有助于理解蛋白質(zhì)在其中所發(fā)揮的調(diào)控功能和內(nèi)在機(jī)制。
Western Blot 與ELISA、激酶活性分析及質(zhì)譜,都是檢測(cè)蛋白磷酸化狀態(tài)的常用方法。蛋白經(jīng)SDS-PAGE分離并轉(zhuǎn)移到膜上,采用磷酸化特異的抗體可精確識(shí)別蛋白磷酸化氨基酸位點(diǎn),實(shí)現(xiàn)對(duì)蛋白磷酸化水平的定性、定量分析。
因磷酸化修飾所引起蛋白分子量變化非常微小,磷酸化及非磷酸化兩種不同狀態(tài)的蛋白,經(jīng)凝膠分離后的條帶往往緊貼、重疊,這給ECL化學(xué)發(fā)光標(biāo)記法區(qū)分這兩種蛋白組分帶來(lái)難以克服的困難。而此時(shí),Western多色熒光檢測(cè)技術(shù)則正好可以大顯身手。
如圖所示,原本空間位置相互重疊的MAPK信號(hào)通路ERK家族成員,ERK1/2(p44/42)總蛋白和發(fā)生磷酸化修飾的ERK1/2(Phospho-p44/42),分別經(jīng)自特異性一抗錨定,再采用DyLight 800、StarBright B700兩種不同的熒光基團(tuán)標(biāo)記的二抗檢測(cè),借助于兩個(gè)熒光通道,分別采集到出紅色(磷酸化修飾的ERK1/2)、綠色(ERK1/2總蛋白)兩種信號(hào)。兩個(gè)通道的圖像經(jīng)疊加可見(jiàn),在圖像同一個(gè)位置,同時(shí)呈現(xiàn)出紅色、綠色和紅綠復(fù)合形成的黃色信號(hào)窄帶。疊加圖上紅、綠兩種信號(hào)的條帶邊界重疊難以分辨,但在不同熒光通道內(nèi),各條帶邊界則清晰分明,為分析各條帶提供了極大便利。
而目前已知的蛋白翻譯后修飾方式多達(dá)20種以上,除磷酸化,乙?;?、泛素化、甲基化也都屬常見(jiàn)蛋白修飾方式并參與機(jī)體多樣化生命過(guò)程調(diào)控。使用多重?zé)晒庥≯E檢測(cè)技術(shù),研究人員用3-4個(gè)熒光基團(tuán)標(biāo)記多種蛋白質(zhì),每種蛋白質(zhì)的檢測(cè)信號(hào)在不同熒光通道中采集,從而達(dá)到在同一印跡上一次檢測(cè)多種蛋白質(zhì)(不受蛋白間的分子量大小的影響),可區(qū)分在復(fù)雜生物學(xué)調(diào)控路徑中各蛋白的角色定位。操作過(guò)程無(wú)須裁膜、無(wú)須逐一剝離蛋白組分,簡(jiǎn)便高效。
3、熒光Blot檢測(cè)的高效性
Western熒光成像分析系統(tǒng)所配置的熒光檢測(cè)通路,決定了印跡可同時(shí)分析的目標(biāo)蛋白的種數(shù)和印跡檢測(cè)所適用二抗熒光基團(tuán)的光譜屬性。
表2信息顯示,主流品牌型號(hào)的熒光通道配置數(shù)量、濾光片光譜截止范圍雖有一定差異,但可發(fā)現(xiàn)以下共同點(diǎn):
1)綠色熒光通路(Em525/BP20nm):適用于SYBR Gold、SYBR Green、GelSafe等;
2)橙黃色熒光通路(Em605/BP40nm):適用于Cy3/SYPRO Orange/Alexa Fluor 546/EB等;
3)紅色熒光通路(Em705/BP40nm):適用于CY5/Alexa Fluor 647等;
4)遠(yuǎn)紅外(FIR)熒光通路(Em715/BP30nm):適用于IRDye 680/Alexa Fluor 680等;
5)近紅外(NIR)熒光通路(Em836/BP40nm):適用于IRDye800/Alexa Fluor 790等。
目前主流Western熒光成像分析儀的熒光檢測(cè)通路配置數(shù)量普遍高于2012-2013年版機(jī)型。譬如,2012版ChemiDoc MP Imaging System為3熒光通道(6位濾光片輪,預(yù)留1個(gè)空位用于化學(xué)發(fā)光檢測(cè),1個(gè)標(biāo)準(zhǔn)顯色/白光濾片,外加綠530nm、紅605nm、深紅695nm三組熒光濾片)。2013版Amersham Imager 600 RGB設(shè)置的也是綠Cy2 (525BP20nm)、紅Cy3/EB (605BP40nm)、深紅Cy5 (705BP40nm) 三個(gè)通道。而2019版上市的ChemiDoc MP、Amersham ImageQuant 800(AI 800)和iBright FL1500,均采用了8位濾光片輪,熒光通道數(shù)量擴(kuò)充至5個(gè)。
熒光檢測(cè)通道數(shù)量和適用光譜種類(lèi)的增加,帶來(lái)至少2方面的便利。
首先,由于樣品自發(fā)熒光多集中在藍(lán)色、綠色和紅色的可見(jiàn)光(波長(zhǎng)380-700nm)范圍,新增的遠(yuǎn)紅外、近紅外外熒光檢測(cè)通道,基本避開(kāi)電泳樣品中其它生物分子和轉(zhuǎn)印膜自發(fā)熒光的背景干擾,使獲得更高圖像信噪比成為可能。
其次,熒光通道增加,使得多通道熒光應(yīng)用的組合更靈活。
以iBright FL1500為例,熒光發(fā)射端共設(shè)置了Em1:508-537nm(Alexa Fluor 488) 、Em2:568-617nm(Alexa Fluor 546) 、Em3:675-720nm(Alexa Fluor 647) 、Em4:710-730mn(Alexa Fluor 680) 和Em5:800-850nm(Alexa Fluor 790)共5個(gè)通道。
預(yù)留一個(gè)通道用于內(nèi)參蛋白信號(hào)檢測(cè),再?gòu)臋z測(cè)光譜存在明顯重疊的Em3 (675-720nm)和Em4 (710-730mn)中2選1后,iBright FL1500可以同時(shí)對(duì)采用Alexa Fluor 488、Alexa Fluor 546、Alexa Fluor 647和Alexa Fluor Plus 800標(biāo)記四種蛋白同時(shí)檢測(cè)。
Em3、Em4兩個(gè)通道的檢測(cè)光譜存在一定程度的重疊,而熒光染料存在主、次激發(fā)峰。當(dāng)中一個(gè)通道測(cè)試時(shí),另一種染料的次激發(fā)效應(yīng)信號(hào)也同時(shí)被主檢測(cè)通道捕獲。這樣使數(shù)據(jù)分析的邏輯出現(xiàn)混亂:原已被分離的兩個(gè)蛋白,竟都包含有另一種蛋白信號(hào)。而事實(shí)上純屬光學(xué)通道間信號(hào)竄擾(cross-talk)所致。因此,兩個(gè)存在光譜重疊的檢測(cè)通道,在一次測(cè)試中只能用其中一個(gè)以杜絕信號(hào)竄擾現(xiàn)象。這樣一來(lái),Western Blot成像分析儀雖配置有5個(gè)通道,實(shí)際卻只能同時(shí)使用4個(gè)通道。此現(xiàn)象不僅存在于iBright FL1500系統(tǒng),同樣也能在新版ChemiDoc MP和ImageQuant 800 Fluor上觀(guān)察到。
還須注意的是,就Western印跡多色熒光分析實(shí)驗(yàn)而言,5通道配置系統(tǒng)實(shí)際可同時(shí)檢測(cè)的蛋白最多只能達(dá)到3種(如內(nèi)參β-actin+pAKT+AKT三種熒光同時(shí)檢測(cè)模式)。這是因?yàn)閲?yán)格的Western Blot實(shí)驗(yàn)還需要進(jìn)行TPN處理,而總蛋白的測(cè)定通常需占用一個(gè)檢測(cè)通道。