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生物醫(yī)學(xué)樣品微量紫外光度測(cè)定的技術(shù)原理和方法-上
分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn)樣品用量少,核酸蛋白提取的產(chǎn)量有限。不要說(shuō)標(biāo)準(zhǔn)石英比色皿(Cuvettes)最低測(cè)試樣品體積(Min. Volume)0.5mL、半微量比色皿(Semi-Microcell)動(dòng)輒0.10 - 0.25mL,即便是50 μL微量比色皿(Microcell),上樣體積也達(dá)到50 μL。對(duì)于常規(guī)10-25μL的PCR反應(yīng)體系,這樣的核酸樣品耗費(fèi),顯然太過(guò)豪奢。撇開(kāi)標(biāo)準(zhǔn)10mm光程最高檢測(cè)濃度上限較低不談,對(duì)低豐度樣品稀釋至50 μL后,很可能超出標(biāo)準(zhǔn)10mm光程紫外吸光度最佳測(cè)試范圍,測(cè)試準(zhǔn)確性難以保障。因此,核酸蛋白測(cè)定體積的微量化成為分子生物實(shí)驗(yàn)的時(shí)代剛需。
縱觀國(guó)內(nèi)外眾多微量紫外可見(jiàn)光度計(jì)產(chǎn)品的技術(shù)特點(diǎn),不難發(fā)現(xiàn),在探索和實(shí)現(xiàn)樣品紫外微量化測(cè)定的風(fēng)塵中,依稀可見(jiàn)5個(gè)用自己方式追逐夢(mèng)想的身影。
一、Eppendorf BioPhotometer生物分光光度計(jì)
1998年,隨著PCR實(shí)驗(yàn)日漸普及和實(shí)時(shí)熒光定量PCR商業(yè)化應(yīng)用,Eppendorf將從常規(guī)綜合型紫外可見(jiàn)分光光度計(jì)中的核酸、蛋白及細(xì)胞測(cè)定等有關(guān)功能方法加以整合,率先推出了BioPhotometer生物分光光度計(jì)。
BioPhotometer對(duì)核酸蛋白按測(cè)定任務(wù)分門(mén)別類(lèi)予以細(xì)化、模塊化,并在儀器控制面板設(shè)置專(zhuān)門(mén)功能鍵。譬如核酸測(cè)定工作,面板上設(shè)置了dsDNA、ssDNA、RNA、Oligo四個(gè)快捷功能按鍵。蛋白測(cè)定直接細(xì)分為Protein 280nm、Bradford、BCA、Lowry法。實(shí)現(xiàn)了測(cè)定任務(wù)的一鍵直達(dá)。
不僅如此,系統(tǒng)已預(yù)置了每項(xiàng)應(yīng)用程序的測(cè)試參數(shù)和條件,無(wú)需常規(guī)紫外應(yīng)用軟件復(fù)雜層疊菜單操作和設(shè)置,使得測(cè)試數(shù)據(jù)規(guī)范化,減少人為設(shè)置失誤。如雙鏈DNA樣品測(cè)定,系統(tǒng)自動(dòng)完成A260 nm以及額外的A230, A280和A340 nm共4個(gè)吸光度指標(biāo)測(cè)定報(bào)告,同時(shí)自動(dòng)顯示樣品濃度測(cè)定結(jié)果以及A260/280、A260/A230兩項(xiàng)核酸純度比值。
BioPhotometer生物分光光度計(jì)的創(chuàng)造性設(shè)計(jì),真不愧是同類(lèi)儀器的開(kāi)發(fā)者、實(shí)驗(yàn)研究人員的“導(dǎo)師”。
Eppendorf在生物樣品測(cè)定技術(shù)領(lǐng)域的另一個(gè)創(chuàng)新,是開(kāi)發(fā)出測(cè)試波長(zhǎng)范圍220 -1600nm的紫外可見(jiàn)通用型雙光程UVette比色皿。
按照朗珀-比爾(Lambert-Beer)定律基本原理:同種物質(zhì)樣品溶液,濃度越高,Ia值越大;相同濃度樣品,測(cè)試光程b越大,Ia值越大;壓縮測(cè)試光程,Ia值減少。
UVette為精巧的漏斗造型設(shè)計(jì):底部為長(zhǎng)10mm×寬2mm×高2mm的狹長(zhǎng)形微量樣品槽(容積50μL),中部為漏斗部(總?cè)莘e500μL),上部為正常比色皿形狀(總?cè)莘e1mL)。
采用兩種光程設(shè)計(jì),既可以沿著底部狹槽的10mm的長(zhǎng)軸方向檢測(cè),也可以將UVette旋轉(zhuǎn)90°使光束沿著2 mm短軸方向檢測(cè)。其優(yōu)勢(shì)在于:普通濃度范圍的樣品使用10 mm光程測(cè)定;高濃度樣品,用2mm短光程檢測(cè),通過(guò)軟件算法自動(dòng)歸一化處理轉(zhuǎn)換為10mm測(cè)試值。
實(shí)測(cè)中,約200mg臨床肥胖癥患者來(lái)源的脂肪組織提取總RNA(產(chǎn)量20-60μg),分別溶于30-50μL 含DEPC去離子水中制成原液。取1μL RNA原液用DEPC水按1:75比例稀釋后,移入U(xiǎn)vette,在Biophotometer分光光度計(jì)上進(jìn)行A260測(cè)定。實(shí)時(shí)熒光定量PCR反應(yīng)結(jié)果表明,UVette微量比色皿測(cè)定性能滿足qPCR實(shí)驗(yàn)的總RNA樣品測(cè)定量要求。
二、日立UH5300紫外可見(jiàn)分光光度計(jì)
標(biāo)準(zhǔn)光程比色皿,底面為10mm×10mm正方形,測(cè)試光束從比色皿正面距離底面8.5mm高度的中心位置垂直入射,光束中軸位置對(duì)應(yīng)的樣品體積為0.85μL,樣品體積須大于此容積方可進(jìn)行正常檢測(cè)。由于液面存在一定弧度的向下凹陷,為確保液面中心(最低處)位置高于測(cè)試光束,故實(shí)際測(cè)試樣品體積不少于1mL。
要減少樣品體積,只能以測(cè)試光束在比色皿后壁的出射點(diǎn)為中心,X、Y、Z三個(gè)方向上同時(shí)縮減液體所占空間。
測(cè)算表明,2mm寬×2 mm深×1 mm厚的液樣,容積為4μL。只有當(dāng)測(cè)試光束形成橫切面直徑1.0mm的圓形光斑或邊長(zhǎng)1.0mm×1.0mm正方形(對(duì)角線為1.44mm),才能實(shí)現(xiàn)最低1.5μL樣品完整包繞測(cè)試光束。
世上無(wú)難事,只怕有心人。
日立公司2013年上市的UH5300,就提供了一款痕量樣品池(trace sample cell)。該樣品池的光程僅1mm,可用于1.5 - 4μL樣品的測(cè)定。
資料顯示,UH5300微量比色皿解決方案具有代表性:墊高微量檢測(cè)池架的位置,樣品溶液層厚度壓縮到1mm(壓縮了光程,可通過(guò)軟件算法校正為標(biāo)準(zhǔn)10mm光程的校正值)。
考慮到加工難度和移液器加樣的可行性,1.5μL液量很可能已是這類(lèi)比色皿款式樣品池容積的下限。
該檢測(cè)池須與池架底座(holder base,用于墊高檢測(cè)池架,使池內(nèi)液體的中心抬高與測(cè)試光束的中軸重合)、檢測(cè)池架 (single cell holder,比色皿架)和比色皿遮光罩(cell mask)一起使用。除非UH5300主要用于生物學(xué)微量樣品的測(cè)定,否則微量測(cè)定模塊與其他常量應(yīng)用測(cè)試模塊的更換,要耗費(fèi)功夫。
此外,每個(gè)樣品測(cè)試前,樣品池都需經(jīng)自來(lái)水沖洗、去離子水沖洗、甩干或風(fēng)干后使用,操作之繁瑣,不言而喻。
三、AlphaSpec μL微量分光光度
0.5-2.5μL量程移液器被常用于PCR實(shí)驗(yàn)中模板、引物的精密移取操作。
或許受此啟發(fā),原美國(guó)Alpha Innotech公司于2008年開(kāi)發(fā)出了AlphaSpec μL微量紫外可見(jiàn)光度計(jì)(已停產(chǎn))。它不用比色杯、毛細(xì)管,也無(wú)需將樣品滴加到檢測(cè)器表面。關(guān)鍵在AlphaSpec采用透射紫外的聚合物材料、結(jié)構(gòu)特殊設(shè)計(jì)的AlphaUV移液吸頭。
這種吸頭上部與吉爾森P10移液器吸頭完全一致,但接觸樣品的底部為類(lèi)似USB接口的長(zhǎng)方體扁管(內(nèi)腔厚度1mm,相當(dāng)于1mm光程,有效容積2.5μL)。液體控制與常規(guī)移液器操作完全一致。
檢測(cè)光束可以垂直穿透吸頭薄壁檢測(cè)樣品。操作時(shí),移液器裝上AlphaUV吸頭后插如特制的檢測(cè)器接口,2秒鐘測(cè)試完成后,取下移液器并更換一新吸頭,可立即進(jìn)行下一個(gè)樣品測(cè)定。無(wú)須清潔測(cè)試端口樣品殘留,操作簡(jiǎn)便、高效。因此,特別AlphaSpec適合于樣品量極其有限,希望完成測(cè)試后可以回收樣品的研究工作。
(待續(xù))