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雷霆收罷江海凝——Optima MAX-XP超速離心機轉(zhuǎn)頭的選擇對外泌體分離效果影響的分析
(前續(xù):Optima MAX-XP臺式超速離心機在外泌體分離中轉(zhuǎn)頭的運用)
術(shù)語“外泌體”本意是指細胞外囊泡EVs中直徑范圍40-150nm的小直徑顆粒亞群(sEVs)。其中既有體積大小接近的微囊泡、外泌體,也有源自不同亞細胞區(qū)室的外泌體。囊泡中內(nèi)核酸含量及組成并不相同。相同RCF及時間設置下,不同轉(zhuǎn)頭類型、型號,所分離的沉淀中、150?nm, 120?nm, 100?nm和70?nm直徑囊泡的組成比例存在差異。此外,不同轉(zhuǎn)頭對顆粒直徑接近但浮力密度(浮力密度有關(guān)概念可參考《試析近垂直轉(zhuǎn)子在超速離心中的應用-下》中“2.2 NVT轉(zhuǎn)頭應用的獨特效率優(yōu)勢”部分內(nèi)容)分布不同囊泡群的沉淀效能不同。研究表明,用目前廣泛采用的100000-110000xg下4℃超速離心方法獲得的腦組織來源的EVs沉淀物,經(jīng)進一步蔗糖或碘沙醇密度梯度離心后,可分離出多達8個浮力密度組分。
不同轉(zhuǎn)頭及工作設置下進行的超速分離的外泌體的產(chǎn)量、組成和污染物含量存在不確定性。對此,早已引起學界的關(guān)注。
要理解超速轉(zhuǎn)頭是如何影響外泌體分離效果,需要從轉(zhuǎn)頭的工作原理這一源頭說起。
1、不同轉(zhuǎn)頭類型內(nèi)部RCF分布和樣品組分沉降遷移路線的區(qū)別
1.1 轉(zhuǎn)頭內(nèi)部RCF強弱分布不同對樣品組分分離效果的影響
做圓周運動物體所受的離心力F計算公式為:
F = m ·ω2/r ······················································ (1)
公式中,ω為圓周運動的角速度,r為圓周遠動半徑。
離心機行業(yè)中,轉(zhuǎn)頭轉(zhuǎn)速N規(guī)定用每分鐘轉(zhuǎn)頭轉(zhuǎn)動多少圈 (ration per minute,RPM) 來表示。N轉(zhuǎn)速與轉(zhuǎn)頭角速度ω間的換算關(guān)系為
:ω = 2π·N/60 ···················································· (2)
由此得到轉(zhuǎn)頭離心力與離心機轉(zhuǎn)頭轉(zhuǎn)速N的計算公式:
F = m · π2 · N2 · r/900 ···············································(3)
業(yè)內(nèi)規(guī)定用物體在離心場中的離心加速度與在重力場中重力加速度(g=9.8米/秒)的倍比值,即相對離心加速度與相對離心力場(relative centrifugation filed, RCF),來反映物體的離心作用強度,即:
RCF = F/m · g ···············································(4)
將長度單位米統(tǒng)一轉(zhuǎn)換為厘米,可得到以下離心機轉(zhuǎn)頭RCF計算公式:
RCF = 1.118 · 10-5 · N2 ·r(×g) ···············································(5)
公式(5)表明:
1)RCF強度值與離心半徑相關(guān)
不同轉(zhuǎn)頭Rav離心半徑不同,轉(zhuǎn)速N相同,但轉(zhuǎn)頭RCF并不相同。
2)轉(zhuǎn)速N變化對RCF影響明顯
轉(zhuǎn)頭轉(zhuǎn)速增加使RCF呈現(xiàn)指數(shù)級增長。轉(zhuǎn)速越高,轉(zhuǎn)頭內(nèi)部不同位置的RCF差距更大。
3)同一轉(zhuǎn)頭內(nèi)部不同位置離轉(zhuǎn)軸距離不同,RCF強弱不同。
無論角轉(zhuǎn)頭、近垂直轉(zhuǎn)頭或水平轉(zhuǎn)頭,離心機轉(zhuǎn)頭內(nèi)部不同位置的RCF強度分布存在差別。通常,離心管口內(nèi)側(cè)的離心半徑最小、RCF最小;管底外側(cè)的離心半徑最大故RCF最大。整體上,離心管上半部離轉(zhuǎn)軸較近,該區(qū)域RCF整體小于離心管的下半部。
同一質(zhì)點沿著離心半徑方向移動,所受離心力大小由所在位置的離心半徑?jīng)Q定。半徑大,所受離心力大,克服溶液內(nèi)部各種阻力離心方向水平遷移的驅(qū)動力大,沉降速度快。若以離心管中心點引出的水平線為界,從管口到分界線的前半段,細胞碎片、細胞器和細胞外囊泡等樣品顆粒所處環(huán)境RCF強度整體上低于RCF設定值,故此階段沉降速度較低、對不同浮力密度小、直徑小顆粒的沉降能力效率低。越過分界線后,所處環(huán)境RCF整體高于RCF設定值,對樣品組分中密度較小、直徑較小的顆粒沉降效能增強,各種顆粒遷移速度增加,并在觸壁后沿著管壁滑降至管底Rmax位置形成沉淀混合物。
因此,不同轉(zhuǎn)頭雖然RCF設定相同,但內(nèi)部RCF強度分布不均衡、不一致。同種樣品顆粒在不同轉(zhuǎn)頭中沉降速度的變化過程是復雜的。轉(zhuǎn)頭對不同密度、直徑尺寸的顆粒沉降效能的差異是客觀存在的。這使得離心管內(nèi)組成、密度和體積大小不同的樣品組分,當所承受的離心力強度與各自沉降所需離心力匹配時,將不可避免地與實驗目標樣品組分發(fā)生共沉淀。
公式(5)還表明:轉(zhuǎn)頭的Rmax與Rmin值之間的差距大,則管內(nèi)RCFmin – RCFmax間跨度大,離心管內(nèi)發(fā)生共沉降的組分越復雜;轉(zhuǎn)頭Rmax與Rmin值差距越小,內(nèi)部RCFmin – RCFmax跨度越小,轉(zhuǎn)頭沉淀組分則越“單純”。
研究表明,在相同RCF、離心時間設置條件下進行的細胞外囊泡沉降實驗所生成的沉淀物中,不同轉(zhuǎn)頭所沉降的的囊泡大小尺寸覆蓋范圍不同。SW 40 Ti和SW 28兩個水平轉(zhuǎn)頭的Rmax與Rmin差距大,同等離心設置下,沉淀物中囊泡的大小尺寸從25 – 300nm不等,構(gòu)成復雜。而TLA-110轉(zhuǎn)頭沉淀中囊泡大小尺寸構(gòu)成相對簡單,主要以50-100nm直徑的小囊泡為主。因此,而Rmax與Rmin差距的大小一定程度上,可視作樣品沉淀組分純凈度的指示器。
在外泌體分離實驗中,若要擴大囊泡尺寸覆蓋范圍,宜采用Rmax/Rmin比值較大的水平轉(zhuǎn)頭。而要縮窄囊泡尺寸覆蓋范圍,特別是想重點關(guān)注和提高100nm直徑以下的外泌體分離純度,則垂直轉(zhuǎn)頭、近垂直轉(zhuǎn)頭和傾角更小的角轉(zhuǎn)頭比使用水平轉(zhuǎn)頭會更有效。
1.2 轉(zhuǎn)頭類型差異決定著樣品組分遷移路徑的不同
要實現(xiàn)所有組分顆粒的完全沉淀和完整回收,須等管口內(nèi)側(cè)樣品顆粒遷移到管底才行。不同轉(zhuǎn)頭,樣品離心過程中沉降遷移路徑和路線長度不同。
首先,轉(zhuǎn)頭單管的容量不同,通常適用離心管的管內(nèi)徑、工作長度不同。管容量大,管長度長,樣品沉降路徑長,有效離心時間相應更長。
其次,對比水平轉(zhuǎn)頭和角轉(zhuǎn)頭可見,管口處樣品顆粒沉降的路徑方向不同:水平轉(zhuǎn)頭內(nèi)樣品遷移沉降方向始終水平指向管底。而角轉(zhuǎn)頭中樣品顆粒先是在離心力作用下水平遷移沉降,觸壁后在管壁處聚集成成更大的顆粒,隨著顆粒繼續(xù)增大和離心力沿管壁方向分力的推動下,克服管壁摩擦阻力和溶液阻力沿著管壁下沉,直至最大離心半徑處形成致密沉淀。
不同轉(zhuǎn)頭、不同工作容量離心管中,樣品沉降路徑的差異,造成樣品沉降時間存在區(qū)別。通常認為,垂直轉(zhuǎn)頭和近垂直轉(zhuǎn)頭沉降時間較短,而角轉(zhuǎn)頭次之,水平轉(zhuǎn)頭沉降路線最長,速度最慢,用時最長。
有效離心時間的差異,一定程度上影響到各種轉(zhuǎn)頭對樣品組分的離心產(chǎn)量。原因在于,離心管的前半段溶液中RCF強度較低區(qū)域,部分樣品組分因沉降速度較低,無法在設定時間內(nèi) “歸隊”而造成損失,降低了轉(zhuǎn)頭的樣品回收率。特別是外泌體沉淀重懸清洗去除蛋白污染組分步驟,采用樣品回收率更夠高的微量角轉(zhuǎn)頭、近垂直轉(zhuǎn)頭,可提高外泌體,特別是小直徑外泌體囊泡的回收率、減少損失。
2、轉(zhuǎn)頭工作容量對離心效能的影響
轉(zhuǎn)頭工作容量影響樣品分離效能是因兩方面原因造成的。
2.1 轉(zhuǎn)頭本身幾何結(jié)構(gòu)設計因素
表5 100000×g RCF設定條件下轉(zhuǎn)頭容量與離心效能參數(shù)列表
轉(zhuǎn)頭型號 | 工作容量 | 離心管尺寸 | 工作轉(zhuǎn)速 | Rav | Rmin | 沉降距離 | RCFmin | K因子 |
TYPE 100 Ti | 8×6 mL | φ3×64 mm | 40200 rpm | 55.5 mm | 39.7 mm | 31.9 mm | 71790 ×g | 37.3 |
TYPE 90 Ti | 8×13.5m L | φ16×76 mm | 40200 rpm | 55.4 mm | 34.2 mm | 42.3 mm | 61840 ×g | 56.0 |
TYPE 70 Ti | 8×39 mL | φ25×89 mm | 36900 rpm | 65.7 mm | 39.5 mm | 52.4 mm | 60180 ×g | 83.5 |
SW 55 Ti | 6×5 mL | φ13×51 mm | 32600 rpm | 84.6 mm | 60.8 mm | 47.7 mm | 72300 ×g | 81.0 |
SW 41 Ti | 6×13.2 mL | φ14×89 mm | 28500 rpm | 110.2 mm | 67.4 mm | 85.7 mm | 61260 ×g | 178.4 |
SW 40 Ti | 6×14 mL | φ14×95 mm | 28200 rpm | 112.7 mm | 66.7 mm | 92.1 mm | 59350 ×g | 194.3 |
SW 32 Ti | 6×38.5 mL | φ25×89 mm | 28600 rpm | 109.7 mm | 66.8 mm | 85.7 mm | 61140 ×g | 228.3 |
表5中的RCFmin代表在100000×g RCF設定下,轉(zhuǎn)頭最小離心半徑處對應RCF。
數(shù)據(jù)顯示,無論是角轉(zhuǎn)頭還是甩平轉(zhuǎn)頭,轉(zhuǎn)頭單管容量從4mL增至39mL,轉(zhuǎn)頭Rmin變短的同時樣品沉降距離變長,RCFmin降低和轉(zhuǎn)頭K因子值增大。RCFmin下降和樣品沉降距離加長,使得有效離心時間要相應延長。否則,樣品回收率要降低。
在外泌體分離實驗中排空培養(yǎng)基自帶外泌體的環(huán)節(jié),培養(yǎng)基體積大,所用轉(zhuǎn)頭單管容量(50-100ml)、轉(zhuǎn)頭整體樣品容量也大,外泌體排空的離心時間越長。大量應用實例中,這一過程的離心時間長達15-18小時。而到外泌體沉淀階段,樣品體積不過2mL,相同RCF和溫度設置,只需70min-2小時即可完成。因此,離心機條件許可情況下,優(yōu)化培養(yǎng)基外泌體排空轉(zhuǎn)頭的選擇,有利于提高效率和實驗流程優(yōu)化。
2.2 離心管樣品裝載體積的影響
同一超速離心轉(zhuǎn)頭適用的多種不同額定容量圓底離心管,當管徑一致時,則容量差異源于管長度的不同。將樣品管載入轉(zhuǎn)頭時,通過添加相應管帽適配器,既為管頂部提供安全支撐,又確保離心管與離心孔底部的緊貼。
以Optima MAX-XP臺式超速離心機的MLA-55角轉(zhuǎn)頭(55000rpm/8×13.5mL)為例。它可使用容量范圍、管徑、長度、材質(zhì)和款式不同的多款超速離心管,包括:
13.5mL超凈圓頂熱封管(344322,φ16×76 mm)
13.5mL薄壁超凈開口管(344085,φ16×76 mm);
10mL厚壁透明開口管(355630,φ16×76 mm);
10.4mL帶蓋透明離心瓶(355603,φ16×76 mm);
10mL鐘頂熱封管(344622,φ16×67mm);
8.9mL指封管(361623,φ16×60mm);
6.3mL g-Max快封管(345830,φ16×44 mm)
4.2mL g-Max熱封管(356562,φ16×38 mm);
6.5mL薄壁超凈開口管(344088,φ13×64 mm)
4mL厚壁透明開口管(355645,φ13×64 mm);
2mL薄壁超凈開口管(344091,φ8×49 mm)。
其中,6.5mL薄壁超凈開口管、4mL厚壁透明開口管和2mL薄壁超凈開口管三種管徑小于轉(zhuǎn)頭額定16mm直徑標準,使用中須在管外加配管套適配器。單管套適配器的添加,使離心管中心整體上向內(nèi)、向上偏移后,遠離了轉(zhuǎn)頭最大離心半徑(Rmax)位置和最強RCF區(qū)域,造成樣品整體RCF降低,離心效能下降。
而6.3mL g-Max快封管、4.2mL g-Max熱封管則不同。其管身外徑與標準13.5mL管一致,使用時無需添加管套適配器。在管帽安裝到位后,離心管底部始終緊貼離心孔的外壁和底部,管身整體上處于轉(zhuǎn)頭RCF最大區(qū)域。其樣品分離效能自然高于使用管套適配器的離心管。此外,其管身短,樣品組分沉降路徑長度短,離心時間短。因此,g-Max管分離效能高于8.9 – 13.5mL標準尺寸和容量的離心管,實現(xiàn)少量樣品在高轉(zhuǎn)速、高K因子值而容量較大的轉(zhuǎn)頭中離心,充分利用優(yōu)勢資源,并極大提高離心效能。
同理,容量相同時,厚壁開口管離心效能不及薄壁開口管和g-max管的工作成效。
Beckman轉(zhuǎn)頭“大魚吃小魚”式設計優(yōu)勢在于,當無法獲得參考文獻中所使用的同款轉(zhuǎn)頭時,通過用速度較高、容量較大的轉(zhuǎn)頭配合小容量離心管使用,并優(yōu)化RCF設置和離心時間設置,同樣能獲得理想的樣品分離效果。
3、轉(zhuǎn)頭固定傾角大小與轉(zhuǎn)頭離心效能的關(guān)系
固定傾角大小影響的是角轉(zhuǎn)頭和近垂直轉(zhuǎn)頭的分離效能。
沉降離心時間的計算公式為:
Ts = (1/S)×2.54×1011×1/N2×ln(Rmax/Rmin) ···················································· (6)
式中S代表特定樣品組分在特定溫度、溶液條件下的沉降系數(shù)。N為工作轉(zhuǎn)速。當轉(zhuǎn)頭Rav相同或接近時,離心時間長短與Rmax/Rmin比值之自然對數(shù)值正相關(guān)。轉(zhuǎn)頭的傾角大,則Rmax/Rmin,Ts相應也大。
此外,相同離心管安裝于大傾角轉(zhuǎn)頭中時,離心管整體向轉(zhuǎn)軸方向傾斜,管的上半部整體RCF小于傾角較小轉(zhuǎn)頭且樣品水平沉降距離增大。故相同離心時間內(nèi),大傾角轉(zhuǎn)頭的離心效能低。
4、轉(zhuǎn)頭K因子值的基本概念與運用
轉(zhuǎn)頭K因子(k-factor)又稱k 系數(shù),是業(yè)內(nèi)為表征轉(zhuǎn)頭離心效能人為賦予的參數(shù)。它源于人們對樣品在特定轉(zhuǎn)頭中最短離心時間的計算過程。
對于特定轉(zhuǎn)頭,Rmax/Rmin比值是固定的。當轉(zhuǎn)速N取轉(zhuǎn)頭最高轉(zhuǎn)速時,則2.54×1011×1/N2×ln(Rmax/Rmin)為一常數(shù),人們將這一常數(shù)規(guī)定為k因子,即:
K = 2.54×1011×1/N2×ln(Rmax/Rmin) ···················································· (7)
公式(7)表明:轉(zhuǎn)頭k因子值與工作轉(zhuǎn)速、Rmax/Rmin有關(guān)。無論是因工作轉(zhuǎn)速Neff降低或因轉(zhuǎn)頭Rmax/Rmin比值上升,均造成轉(zhuǎn)頭離心效能下降同時K因子值增大。而k因子值降低則宣示了轉(zhuǎn)頭離心效能提高。
若規(guī)定Keff代表工作轉(zhuǎn)速Neff時的k因子值,K為轉(zhuǎn)頭最高轉(zhuǎn)速N時k因子值,可得到keff 、K間換算公式:
keff = K×N/Neff ···················································· (8)
這表明:轉(zhuǎn)頭工作轉(zhuǎn)速高則k值低,轉(zhuǎn)速降低則k值升高。
對于特定型號轉(zhuǎn)頭,ln(Rmax/Rmin)是固定的,因此,確定了工作轉(zhuǎn)速,就相當于確定了keff值。
而根據(jù)轉(zhuǎn)頭的k因子值,即可評估轉(zhuǎn)頭離心效能高低(見表6)。
表6 100000×g RCF值條件下超速離心轉(zhuǎn)頭工作參數(shù)
轉(zhuǎn)頭型號 | 工作轉(zhuǎn)速 | Rav | Rmin | Rmax | RCFmin | 轉(zhuǎn)頭角度 | K有效因子值 | 離心效能高低 |
TLA-120.2 | 53100 rpm | 31.8mm | 24.5mm | 38.9mm | 77300 ×g | 30° | 18.1 | 高 |
TLA-100.3 | 48600 rpm | 37.9mm | 27.5mm | 48.3mm | 72680 ×g | 30° | 28.8 | 高 |
MLA-130 | 46200 rpm | 41.9mm | 29.9mm | 53.9mm | 71400 ×g | 35° | 24.5 | 高 |
TLS-55 | 38800 rpm | 59.4mm | 42.2mm | 76.5mm | 71090 ×g | NA | 70.9 | 較高 |
MLA-55 | 37400 rpm | 64.0mm | 45.0mm | 84.5mm | 70430 ×g | 35° | 77.9 | 較高 |
TLA-110 | 49100 rpm | 37.2mm | 26.0mm | 48.5mm | 70140 ×g | 28° | 29.1 | 高 |
Type 50.2 Ti | 33200 rpm | 81.2mm | 54.4mm | 107.9mm | 67000 ×g | 24° | 103.9 | 中等 |
MLS-50 | 35300 rpm | 71.7mm | 47.5mm | 95.8mm | 66230 ×g | NA | 100.6 | 中等 |
MLA-80 | 44300 rpm | 45.7mm | 29.5mm | 61.9mm | 64780 ×g | 26° | 52.4 | 較高 |
TLA-55 | 47300 rpm | 40mm | 25mm | 55mm | 62580 ×g | 45° | 76.7 | 較高 |
SW 41 Ti | 28500 rpm | 110.2mm | 67.4mm | 153.1mm | 61260 ×g | NA | 178.4 | 較低 |
Type 70 Ti | 36900 rpm | 65.7mm | 39.5mm | 91.9mm | 60180 ×g | 23° | 83.5 | 較高 |
MLA-50 | 39200 rpm | 58.4mm | 33.6mm | 83.2mm | 57770 ×g | 30° | 117.3 | 中等 |
數(shù)據(jù)顯示,相同樣品條件和相同100000×g RCF設置下,分離效能最佳的前5個轉(zhuǎn)頭為清一色Optima MAX-XP臺式超速離心機適用轉(zhuǎn)頭,從高到低分別是:
TLA-120.2(12×2.0mL)
TLA-100.3(6×3.5mL)
MLA-130(10×2.0mL)
TLA-110(8×5.1mL)
MLA-80(8×8.0mL)
5、根據(jù)轉(zhuǎn)頭工作效能確定外泌體超速離心分離的解決方案
離心機驅(qū)動控制系統(tǒng)是以轉(zhuǎn)頭平均半徑(Rav)作為有效離心半徑,采用公式(5)的原理自動計算特定轉(zhuǎn)速的RCF值,或依據(jù)實驗者設定的RCF值計算并控制轉(zhuǎn)頭工作轉(zhuǎn)速的。轉(zhuǎn)頭的分離效能,受離心半徑、傾角大小、樣品容量和離心管的選擇等多重因素制約。僅僅關(guān)注FCR設置值大小,不足以有效、全面評估轉(zhuǎn)頭的離心效果。
就外泌體分離實驗而言,轉(zhuǎn)頭選型方案對外泌體的提取產(chǎn)量、品質(zhì)和離心時間長短都有直接影響。在轉(zhuǎn)頭的選擇和特定轉(zhuǎn)頭工作參數(shù)的優(yōu)化調(diào)整上,可參考以下原則:
5.1 根據(jù)研究側(cè)重點選擇最適宜的轉(zhuǎn)頭
當研究目標為整個細胞外囊泡群的構(gòu)成及動態(tài)變化規(guī)律時,采用Rman/Rmin比值較大的水平轉(zhuǎn)頭或大角度角轉(zhuǎn)頭較為有利。當研究主要對象為中小直徑囊泡時,則Rman/Rmin比值較小的垂直轉(zhuǎn)頭、近垂直轉(zhuǎn)頭及傾角相對較小的角轉(zhuǎn)頭是首選。
要縮短外泌體離心操作流程所需時間,Rman/Rmin小比值類轉(zhuǎn)頭無疑較為理想。
而針對外泌體密度梯度純化分離,在時間條件允許時,單管容量3.5 – 13.5mL的水平轉(zhuǎn)頭或角轉(zhuǎn)頭都可以考慮。
5.2 根據(jù)自身轉(zhuǎn)頭條件優(yōu)化調(diào)整離心參數(shù)
外泌體超速分離中, RCF值設定明確后,為確保溶液中樣品回收率和離心效率,對Rmin小的轉(zhuǎn)頭宜適度延長離心時間。同理,若采用相同離心時間設置,可優(yōu)先嘗試將Rmin較小轉(zhuǎn)頭的RCFmin適度提高,達到兩種轉(zhuǎn)頭的RCFmin值接近的效果。或者引入g-max管,確保樣品的RCF環(huán)境趨于接近。
以單管容量均為39mL的MLA-50與Type 70 Ti兩個轉(zhuǎn)頭為例:Type 70 Ti的Rmin和RCFmin大、K因子值小,故分離效能高于MLA-50。如參考方案是Type 70 Ti轉(zhuǎn)頭100000×g下離心70分鐘設置,則多半采用了快速升降速模式設置。要用MLA-50轉(zhuǎn)頭來替代,則離心時間應適度延長。反之,若參考方案為MLA-50轉(zhuǎn)頭,而須用Type 70 Ti轉(zhuǎn)頭進行,則延長離心時間不必延長。
(后續(xù):Optima MAX-XP臺式超速離心機在外泌體分離操作中時間的設定)